I cifrari poligrafici sono cifrari nei quali ogni lettera del testo viene dapprima scomposta in gruppi di due o più lettere o cifre che vengono poi a loro volta cifrate per sostituzione o per trasposizione. Da alcuni autori sono detti tomogrammici.

Per contro i cifrari dove le lettere vengono cifrate ad una ad una si dicono monografici.

Altri cifrari fanno uso di una matrice quadrata nella quale vengono disposte venticinque lettere; la cifratura avviene cercando la lettera chiara nella matrice e associandole la coppia di numeri o lettere che identificano la riga e la colonna; questa coppia di cifre o lettere viene poi cifrata secondo regole più o meno complesse.

Il più antico esempio di sistema poligrafico è la scacchiera di Polibio che non era però un codice segreto ma piuttosto un sistema pensato per un telegrafo ottico. Molto più recenti sono il Playfair Cypher, le cifre a scacchiera del Collon la cifra campale germanica e il cifrario bifido di Delastelle, tutti metodi piuttosto sicuri tanto da essere stati usati in tutte e due le guerre mondiali.

L'avvento del computer in questa seconda metà di secolo ha indebolito in modo radicale la sicurezza di questi metodi che sono ormai da considerare obsoleti.